نقشه برداری مغز در طی چند مرحله ساده زیر انجام می شود:
- در مرحله اول روی سر بیمار از ژل مخصوص استفاده می شود که این نوع ژل به دریافت امواج مغز کمک می کند.
- در این مرحله از کلاه مخصوص که دارای الکترودهای گیرنده امواج مغزی می باشد استفاده می گردد. شایان ذکر است الکترودها وظیفه دریافت امواج مغز را بر عهده دارند و به کمک آن ها نقشه مغزی رسم می شود.
- در طول انجام نقشه برداری از مغز، به بیمار تاکید می شود فقط فعالیت هایی را که پزشک از وی درخواست می کند انجام دهد. انجام هر نوع حرکت اضافه باعث می شود مغز به آن فکر کند و امواج اضافی را ارسال نماید که این نوع امواج در نتیجه حاصل از آزمایشات تاثیر خواهند داشت.
- در طول درمان ممکن است پزشک برای درک بهتر از فعالیت مغزی و رسیدن به یک نقشه مغزی از بیمار درخواست کند که فعالیت های آسان نظیر ریاضی یا خواندن متن را انجام دهد.